熙宁四年（1071年），在宋神宗赵顼支持下，王安石主持的“熙宁变法”进入高潮，但反对力量的反弹也更加激烈，这年出现开封百姓为逃避保甲自断手腕现象。王安石认为施行新政，士大夫尚且争议纷纷，百姓更容易受到蛊惑。偏偏在这个节骨眼苏轼上书谈论新法的弊病，王安石颇感愤怒，于是让御史谢景在神宗面前陈说苏轼的过失。苏轼于是请求出京任职，被授为杭州通判。
在杭州乡村游玩，看到新法对农村造成巨大的危害，苏轼忍不住写下了《山村五绝》，“赢得儿童语音好，一年强半在城中”是青苗法惹的祸，盐法让老农“岂是闻韶解忘味，迩来三月食无盐”。八月十五看潮写下波澜壮阔的观潮诗，还不忘写下“东海若知明主意，应教斥卤变桑田”，明显对水利法不满啊。
巡查两浙农田水利的沈括看望苏东坡时，发现他的诗作多有讥讽新政之作，抄录下来加上注解呈给赵顼，赵顼却毫无惩戒之意。宋代有本书《梦溪笔谈》，被称为“中国科学史上的里程碑”，就是这个沈括写的，这位被誉为“中国整部科学史中最卓越的人物”，竟然是个告密的小人。
熙宁七年（1074年）秋，苏轼调往密州（山东诸城）任知州。虽然是被外放，但能独当一面也让豪迈的诗人意气风发，写下了气势恢宏的《江城子·密州出猎》：
老夫聊发少年狂，左牵黄，右擎苍，锦帽貂裘，千骑卷平冈。为报倾城随太守，亲射虎，看孙郎。
酒酣胸胆尚开张，鬓微霜，又何妨？持节云中，何日遣冯唐？会挽雕弓如满月，西北望，射天狼。
豪迈之后愤慨不平，他写了《王莽》、《董卓》两首诗，矛头直指王安石、吕惠卿二人。熙宁九年（1076年），王安石长子病故，王安石第二次辞去宰相，从此隐居江宁，法令亦陆续被废止。
熙宁十年（1077年）四月至元丰二年（1079年）三月，苏轼又转任徐州知州。元丰二年（1079年）四月调为湖州知州。他在地方任职时革新除弊，因法便民，颇有政绩。
上任湖州后他给神宗写了一封《湖州谢上表》，其实这只是例行公事，但诗人在官样文章夹带了浓烈的个人色彩，其中发了几句牢骚：“陛下知其愚不适时，难以追陪新进；察其老不生事，或能牧养小民。”
反对变法的保守派领袖司马光写信给变法派领袖王安石用了“生事”二字，“生事”成了攻击变法的习惯用语。苏轼曾在《上神宗皇帝》书里说王安石“招来新进勇锐之人，以图一切速成之效”，结果是“近来朴拙之人愈少，而巧进之士益多”。后来正是曾拥护过王安石的“巧进之士”吕惠卿把王安石出卖了，使其罢相。呵呵，苏知州念念不忘对新法之厌啊。
王安石第二次罢相后的第二年，赵顼改年号为“元丰”，从幕后走到前台，亲自主持变法，开始了“元丰改制”，然而变法依旧伴随着反对的声音。失去了王安石，赵顼本就很伤心，又要独自面临巨大的压力，不免有些恼火。他决定实行更为强硬的手段来推行新法，严惩反对变法的官员。
“熙宁变法”虽然成果不大，但赵顼成功的分化了官僚集团，打破了相权和谏权联手对皇权的制约。被他贬谪的官员，御史和谏官占了绝大多数，御史台再也不敢以天相来劝谏神宗。御史台的新人正愁没有机会献宠，当时出版的《元丰续添苏子瞻学士钱塘集》提供了收集材料的机会。监察御史里行舒亶经过四月潜心钻研，找了几首苏轼的诗，就上奏弹劾他。除了前面提到的几首诗，还有苏轼写给弟弟苏辙的《戏子由》中的“读书万卷不读律，致君尧舜知无术”，更是大逆不道了。
国子博士李宜之、御史中丞李定推波助澜，他们历数苏轼的罪行，声称必须因其无礼于朝廷而斩首。李定举了苏轼当处极刑四项理由：初无学术，滥得时名，偶中异科，遂叨儒馆；急获高位不得而讥讪权要；皇帝对他宽容希望改过自新却拒不从命；所写诗之荒谬浅薄，但对全国影响甚大。
才高八斗、少年得志的苏学士，受到这样四个指控，真让人啼笑皆非。但是急于立威的神宗，不顾奶奶、妈妈甚至老婆对苏轼的喜爱，铁了心要把苏轼当靶子打。
苏轼好友驸马王诜，听到消息赶紧派人去南京给苏辙送信，苏辙立刻派人去告诉苏轼。朝廷派出的钦差皇甫遵到湖州时，苏轼以为会被赐死，求乞能与家人诀别，皇甫遵淡然道：“不至于此。”打开公文是份普通公文，不过是以苏轼以诗文讪谤朝廷，传唤进京而已，并要苏轼立即启程。
苏轼途经扬州江面和太湖时，怕他的案子会牵连好多朋友，想跳水自杀，又怕自杀会给弟弟招致麻烦。家里烧了他大部分与友人的通信和手稿，家人到了安徽宿县，御史台又派人搜查他们的行李，找苏轼的诗，书信和别的文件，最后手稿残存者不过三分之一。
苏轼七月二十八日被逮捕，八月十八日送进御史台的监狱，二十日被正式提讯苏轼乌台诗案，二十八日几句诗都做了交代。李定向神宗报告苏轼承认全部弹劾，神宗大怒，怀疑苏轼要么是受刑不过，要么是有更大的秘密要隐藏。于是问李定可曾用刑苏轼乌台诗案，李定答道:“苏轼名高当时，辞能惑众为避人言，不敢用刑。”神宗大怒，命御史台严加审查，一定要查出所有人。
到九月份，御史台已从四面八方抄获了苏轼寄赠他人的大量诗词。有一百多首在审问时呈阅，有三十九人受到牵连，其中官位较高的是司马光。王安石罢相的次年（1077年），苏轼寄赠司马光一首《独乐园》说四海苍生望司马光执政，以讥讽现任执政不得其人。御史台又找到了痛斥“新进”的《和韵答黄庭坚二首》，抨击“生事”的《汤村开运河，雨中督役》诗。前者是与黄庭坚唱和的，后者寄赠好友王诜。
这些赠黄庭坚、王诜等人的诗文，一时成为轰动朝野的新闻，舒亶等人趁机痛打落水狗，请求副相王珪检举苏轼的《王复秀才所居双桧》诗，诗中云桧树：“根到九泉无曲处，世间惟有蛰龙知。”王珪说苏东坡不认神宗飞龙在天，而求之地下蛰龙，是不臣之举。神宗倒也聪明，答：“诗人之词，安可如此论？彼自咏桧，何预朕事？”
对苏轼的指控，有的有些牵强，这咏桧诗就是一例。还有苏轼任密州太守期间作的《后杞菊赋》的序言里曾提到吃杞菊的苦种籽，御史认为作者是在直接讽刺全境百姓的贫穷，尤其指朝廷对官吏薪俸的微薄。“生而盲者不识日”是讽刺科举考生的浅陋无知，讽刺考生不通儒学，只知道王安石在《三经新义》里对经书的注释。
苏轼对大部分指控，都坦白承认在诗中批评新政、批判小人的争权争位，这些无疑激怒了朝廷的大臣。在通宵审问巨大精神压力下，苏轼给弟弟写下了“与君世世为兄弟，再结来生未了因”的诀别诗。
十月十五日，御史台申报苏轼诗案的审理情况，其中辑集苏轼数万字的交代材料，查清收藏苏轼讥讽文字的人物名单，计有司马光、范镇、张方平、王诜、苏辙、黄庭坚等二十九位大臣名士。
当时当朝多人为苏轼求情，王安石也劝神宗说：圣朝不宜诛名士。身患重病的太皇太后曹氏出面干预，同属于苏轼口中的“新进”章惇，也积极营救苏轼，并不惜与王珪翻脸。神宗下令从轻发落，苏轼终免一死，被贬往黄州充团练副使，但不准擅离该地区，并无权签署公文。
受到牵连的人中，三个人的处罚较重。驸马王诜因泄露机密给苏轼，而且时常与他交往，调查时不及时交出苏轼的诗文，且更因对待公主不礼貌，宠妾压妻，被削除一切官爵。其次是王巩，被御史附带处置，发配西南。第三个是苏辙，他曾奏请朝廷赦免兄长，自己愿意纳还一切官位为兄长赎罪，他并没有收到什么严重的毁谤诗，但由于家庭连带关系，仍遭受降职处分，调到高安，任筠州酒监。
其他人，张方平与其他大官都是罚红铜三十斤，司马光和范镇及苏轼的十八个别的朋友，都各罚红铜二十斤。
值得一提的是，那些平时与苏轼互相诗文唱和，引为知己的保守派大臣们，在苏轼入狱其间，一个给他求情的都没有，反而是那些被保守派称之为“奸邪”、“小人”、“新进”的那些变法派大臣，纷纷上书为苏轼求情。很多人认为危难中看出人的本质，其实这也是很正常的事，苏轼的所有朋友都在被调查之列，他们出面求情肯定是火上浇油、适得其反。当然新党为苏轼求情，说明这些人也有博大的胸襟。
据《汉书·朱博传》记载，御史台中有柏树，乌鸦数千栖居其上，故称御史台为“乌台”。苏东坡这次差点断送老头皮，就是历史上著名的“乌台诗案”，也是公认文字狱的滥觞。
黄州团练副使一职相当低微，并无实权。公务之余，他带领家人开垦城东的一块坡地，种田帮补生计，“东坡居士”的别号便是在这时起的。
经历乌台诗案，苏轼从尚儒转向尚道尚佛，性格从嫉恶如仇转向淡泊旷达，他的作品从致君尧舜的豪放转向空灵隽永、朴质清淡。意气风发的苏轼只留下一个躯壳，重生的是让后人千古仰慕、旷达隽永的苏东坡！
